Tại Kenya có tổng cộng 64 hồ nước, chiếm 9,5% tổng số các hồ trên lục địa châu Phi. [8] Tám hồ trong số đó tạo nên hệ thống các hồ Kenya trong Thung lũng Tách giãn Lớn. Từ bắc tới nam, tên của các hồ này lần lượt là: Hồ Turkana, Logipi, Baringo, Bogoria, Nakuru, Elementaita, Naivasha và Hồ Magadi. [3]Trong số các hồ này, chỉ có hồ Baringo và Naivasha là hồ nước ngọt [9]

Hồ Turkana ở tận cùng phía bắc của thung lũng, có chiều dài 250 kilômét (160 dặm), rộng từ 15 kilômét (9,3 dặm) tới 30 kilômét (19 dặm) và sâu nhất đạt 125 mét. [10] Hầu hết các hồ khác đang khô cạn dần và thoát nước kém, do đó đã trở thành các hồ kiềm. Đây là các hồ giàu tảo lam, nuôi dưỡng các loài ấu trùng côn trùng, động vật giáp xác nhỏ và là nguồn thức ăn quan trọng của Hồng hạc nhỏ. Trong khi ấu trùng và động vật giáp xác là thức ăn cho cá và Hồng hạc lớn. [3]

Trona là một khoáng chất bay hơi được sử dụng cho sản xuất natri cacbonat, đã được khai thác tại hồ Magadi trong gần 100 năm qua. Ước tính mỗi năm khai thác được khoảng 250.000 tấn.[11] Các khoáng sản quý khác như Ruby và Sapphire hồng đã được tìm thấy và khai thác từ các khu vực xung quanh hồ Boringo. Năm 2004, hơn 2 kg Corundum đã được thu thập.[12]

Ba hồ kiềm nông tạo nên hệ thống hồ Kenya được UNESCO công nhận là Di sản thế giới bao gồm hồ Bogoria rộng 10.700 hécta (26.000 mẫu Anh), hồ Nakuru rộng 18.800 hécta (46.000 mẫu Anh) và Elementaita rộng 2.534 hécta (6.260 mẫu Anh).[13] Hệ thống ba hồ này tạo thành một trong những khu vực có quần thể chim đa dạng nhất trên thế giới. Nơi đây là nhà của 13 loài chim bị đe dọa trên toàn cầu. Nó là nơi làm tổ và sinh sản quan trọng của bồ nông trắng lớn, và là khu vực kiếm ăn quan trọng nhất của hồng hạc nhỏ trên thế giới. Hệ thống này cũng là nhà của quần thể các loài chim quan trọng trên toàn cầu bao gồm Le hôi cổ đen, Mỏ thìa châu Phi, Cà kheo đen trắng, Le hôi, Cò nhạn mỏ vàng, Cà kheo cánh đen, Mòng biển đầu xám và mòng biển mỏ nhàn. [14]

Hệ thống các hồ Kenya là một vị trí quan trọng trên các chuyến bay từ châu Á-Đông Phi, một tuyến đường bay của số lượng lớn các loài chim di cư hàng năm từ nơi sinh sản ở phía bắc đến châu Phi. Các vùng đất xung quanh hồ là nơi trú ẩn vô cùng quan trọng của các quần thể tê giác đen, hươu cao cổ Rothschild, Linh dương vằn lớn, Sư tử, Báo săn và Chó hoang châu Phi. Hệ thống hồ Kenya được bao quanh bởi những vách đá dựng đứng của Thung lũng Tách giãn, cung cấp một cảnh quan và cái nhìn ngoạn mục. [14]

Một số các hồ khác như Hồ Chew Bahir, nằm trong phần mở rộng về phía đông bắc. Hồ này nằm chủ yếu ở Ethiopia nhưng kéo dài đến Kenya vào mùa mưa. Hay Kamnarok là một hồ nước nhỏ nằm trong thung lũng Kerio.